El software —y los instaladores de software— en Ubuntu necesitan estar marcados como «ejecutables» para que el sistema los trate como programas ejecutables. Esto indica a Ubuntu que el archivo contiene software y es de fiar. Normalmente, no es necesario lidiar con permisos de archivos ejecutables, pues el software se distribuye en paquetes .deb que pueden instalarse a través de interfaces gráficas como el Centro de software de Ubuntu y Synaptic.

El usuario solo debería marcar un archivo como ejecutable si sabe lo que hace.

Los archivos que no provienen de los repositorios oficiales no poseen el permiso «ejecutable» porque no se instalaron desde una fuente confiable. Por este motivo, no se pueden ejecutar los archivos de software descargados de Internet. Esto ayuda a evitar que los usuarios desprevenidos ejecuten software malicioso (virus, caballos de Troya…)

Por política de Ubuntu, se requiere que cualquier programa sin el permiso «ejecutable» no se ejecute. Por ejemplo, si un archivo .desktop apunta a un archivo ejecutable que no tiene el permiso, se mostrará un mensaje de error que informará del bloqueo.